Sarı-kırmızılılar 1'inci Lig'de mücadele ettiği 2016-2017 sezonunda Başakşehir'le Ziraat Türkiye Kupası F Grubu'nda karşılaştı. Başakşehir Fatih Terim Stadı'ndaki randevuyu 6-2 kaybeden Göztepe, evinde de turuncu-lacivertlilere 2-0 mağlup oldu.
Geçen sezon 14 yıl sonra mücadele ettiği Süper Lig'de Başakşehir'e rakip olan Göztepe yine iki karşılaşmadan puansız ayrıldı. Bornova Stadı'nda rakibine Epureanu ve Adebayor'un golleriyle 2-1 mağlup olan sarı-kırmızılılarda Jahovic uzatma dakikalarında penaltıdan ağları havalandırmıştı.
İstanbul'daki ikinci devre müsabakasında sonuç 2-0 Başakşehir'in lehine sonuçlandı. Hazırlıklarını sürdüren Göztepe'de sol bek Traore ve orta saha Atakan sakat.
