İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü Suçlar Bürosu Savcılarından Mehmet Şenay Baygın tarafından yürütülen FETÖ/PDY'nin mülkiye yapılanmasına ilişkin soruşturma kapsamında, gözaltına alınan ve sevk edildiği hakimlikçe tutuklanan Hüseyin Çapkın'ın hakim huzurunda verdiği savunmasında, emniyette hangi kademelerde görev yaptığını anlatarak en son görevinin İstanbul olduğunu ve buradaki görev süresinin de bizzat o dönem Başbakan olan Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan tarafından uzatıldığını söyledi.
Çapkın, şike sürecinde yaşananları da şöyle anlattı:
"Şike operasyonunun başlangıcı ve sefahatları ile ilgili bilgim olmadı. Ancak operasyon aşamasından önce savcıdan kararlar alındıktan sonra tarafıma sorumlu il müdür yardımcısı Mutlu Ekizoğlu bir bilgi notu getirdi. Aziz Yıldırım ismini görünce 'bu konudan emin miyiz?' diye sorduğumda, Mutlu Ekizoğlu bana 'evet efendim, eminiz, tespitler var' dedi. Ben de 'Türkiye gündeminde uzun süre kalır, ülke gündemini boşa meşgul etmeyelim' dedim. Sadece operasyonun hukuka uygun yönde yapılması talimatını verdim. Hatta Aziz Yıldırım'ın operasyon aşamasındaki fotoğrafları basına yansıması üzerine ilgili polis memuru hakkında idari işlem başlattım."
